Odvojeni tip
Membranski modul i bioreaktor se ugrađuju odvojeno.
Pomiješana tekućina u bioreaktoru je pod tlakom pomoću cirkulacione pumpe, a zatim se pumpa do kraja filtracije membranskog modula. Pod pritiskom, tečnost u mešanoj tečnosti prodire kroz membranu, postajući tretirana voda; čvrste materije i velike molekule se zadržavaju membranom i vraćaju u bioreaktor sa koncentratom.
Integrirani tip
Membranski modul se nalazi unutar bioreaktora. Napojna voda ulazi u membranski-bioreaktor, gdje se većina zagađivača uklanja aktivnim muljem u miješanoj tekućini, a zatim se voda filtrira kroz membranu pod vanjskim pritiskom.
Ovaj tip membranskog-bioreaktora ima relativno nisku potrošnju energije jer eliminiše sistem cirkulacije miješane tekućine i oslanja se na filtraciju uz pomoć pumpe{1}}; takođe ima kompaktniji otisak od odvojenog tipa i dobio je značajnu pažnju u oblasti tretmana vode poslednjih godina. Međutim, općenito ima relativno nizak protok membrane, sklon je zaprljanju membrane i teško ga je očistiti i zamijeniti nakon prljanja.
Kompozitni tip
Po obliku takođe spada u kategoriju integrisanih membranskih bioreaktora. Razlika je u tome što se materijal za pakovanje dodaje unutar bioreaktora kako bi se formirao kompozitni membranski bioreaktor, koji mijenja neka svojstva reaktora.
